疯狂动物园的濒危物种固定出现在每天动物救援规划中，通过商人界面的搜救入口进入对应地图，且仅在2000米至3000米的距离区间随机刷新，每天仅会出现一种特定濒危物种，分布于稀树草原、丛林、山脉、澳洲、极地等已解开地图。

进入游戏后，点击界面中的商人图标，即可查看当日濒危物种信息，未解开的物种会以黑色剪影呈现，点击搜救按钮便能直接跳转至该物种所在的地图。濒危物种都带有鲜明的特效，如七彩魔法牛拥有彩虹拖尾，闪亮天马伴随粒子光效，百万福特秃鹫周身发光，很容易和普通动物区分。抓捕时，需先换乘合适的坐骑，提议选择稳定性强、速度适中的动物，避免在冲刺阶段失控撞毁，抵达2000米后要持续观察四周，发现目标后及时松开手指让人物腾空，精准落在濒危物种身上并按住屏幕开始驯服，驯服经过中必须避开全部障碍物和其他动物，确保倒计时顺利完成。

不同地图的濒危物种分布各有规律，稀树草原包含七彩魔法牛、闪亮天马、全球顶尖羊等五种；丛林有烧烤野猪、福猩、终结鳄、剑齿河马等六种；山脉区域可找到火爆驼、烈焰狂牛、地狱看门犬、帝王鹰等七种；澳洲地图分布着芝士绵羊、蒙古袋鼠、报晓金鸡等六种；极地地图则有神灯企鹅、幸运海豹等物种。玩家必须先解开对应地图，才能激活该地图濒危物种的搜救按钮，未解开时按钮处于灰色不可点击情形。抓捕成功后，后续刷新时有概率出现该物种的配对动物，成功抓捕配对动物后，即可在动物园繁殖出对应的幼崽。

提高濒危物种抓捕成功率有不少实用诀窍，优先携带提高稀有动物出现率或减少驯服时刻的宠物，能大幅降低抓捕难度。跑图时尽量保持稳定节拍，不要盲目冲刺，在2000米后适当减速，留意身边带有特效的独特动物。若第一次抓捕失败，无需立即复活，可退出从头进入地图搜救，濒危物种会持续在当日的对应距离区间刷新，直到成功捕获。栖息地等级也会间接影响抓捕尝试，提高对应动物栖息地等级，能让坐骑的表现更稳定，减少驯服时的失误率。