影之刃3里绝顶大的组织是“组织”，它是贯穿整个影之刃系列的核心势力，不管是高层高手储备、完整的层级体系，还是情报、改造技术和战争动员能力，都远超暗魔天堡、十一人阁、五指等其余江湖势力。这个势力没有花哨的江湖名号，就直接以“组织”作为自身称呼，暗中操控武林格局，江湖多数帮派都活在它的无形威慑之下，也是主线剧情里玩家接触最多的核心阵营。

组织拥有一套成熟完整的权力架构，顶层为冥主，下设七名冥使作为顶尖决策层，全部都是不对外显露身份的绝顶高手，普通江湖人士几乎不了解他们的真正样貌和过往故事。冥使之下是人使，作为执行外勤的顶级战将，负责外出执行刺杀、镇压、情报搜集等各类高危任务，再往下是数量庞大的鬼差部队，依靠蛇屋的杀气改造技术制造而成，分为甲乙丙丁四个等级，乙级鬼差便可媲美江湖上流高手，甲级鬼差实力甚至能抗衡普通冥使，是组织征战四方的核心战力。蛇屋作为组织唯一科研机构，钻研杀气改造、药理、机关秘术，源源不断产出鬼差和各类独特道具，支撑起组织的硬实力，不少游戏副本BOSS都出自鬼差序列，玩家在推进主线时会频繁和这些改造战士交手。

剧情层面，组织依靠周密谋划和卧底渗透，接连剿灭各大邪派势力，即便是实力强横的暗魔天堡，也是组织耗费数年布局，依靠内应、下毒、调虎离山多重手段才艰难拿下，此战即便组织中层战力损耗惨重，依旧完成了对老牌强敌的覆灭。后续组织还能联合武林正道联盟围剿十一人阁，击溃怪面大军，足以看出它的统筹和战争动员能力，它并非单纯依靠武力蛮干，情报渗透、离间分化、技术压制都是它常用的手段，很多江湖冲突背后都存在组织的暗中推手。对比其他势力，十一人阁高手虽多，但内部理念分歧大，缺乏稳定后勤；暗魔天堡战力顶尖却不擅长谋略布局；五指组织成员稀少，根基薄弱，都无法和组织综合实力相提并论。

组织相关内容深度融入副本和养成体系，主线卷宗剧情大部分围绕组织追查杀气改造的案件展开，玩家化身组织的执行者处理各地江湖惨案，解开壹个个剧情关卡。解开组织总部之后可以挑战组织考验副本，副本内部会遭遇冥使、乙级鬼差等原作典范敌人，关卡自带特殊战斗机制，群怪和精英BOSS交替登场，挑战时需要组合范围技能链清理杂兵，切换单体爆发应对高防御精英，合理利用刻印和心法补足控制、减伤属性，组队挑战能够大幅降低通关难度，通关后可以拿到蛇纹徽记等独特资源，用于藏身之地商店兑换稀有装备、铸魂材料，是中后期重要资源获取渠道其中一个。日常的组织任务也不能忽略，完成击杀罪体、副本通关、装备锻造类任务，能够稳定拿到经验、除厄币等养成物资，长期坚持可以有效加快人物成型速度。

不少玩家会把帮会体系和剧情里的“组织”混淆，二者属于完全不同的模块，帮会是玩家社交协作方法，而剧情中的组织是全球观里的江湖势力，二者不要混为一谈。帮会可以参和帮会突袭、科技更新，兑换心法符印、刻印金书，侧重玩家之间的对抗协作，而剧情组织更多体现在剧情叙事、副本BOSS、资源产出，读懂组织的势力设定，也能帮助玩家更好领会主线故事里各方人物的动机，看懂魂、左殇等主角的身世背景，提高整体游玩尝试。